W projekcie e-Akademia Przyszłości Wirtualna Szkoła oznacza środowisko uczenia się w wirtualnej przestrzeni przy pomocy odpowiednich narzędzi i aplikacji. Głównym celem Wirtualnej Szkoły w Projekcie jest zapewnienie uczniom utalentowanym, z 200 szkół objętych Projektem, możliwości dostępu do zaawansowanych metod samodzielnego uczenia się w kontakcie z nauczycielami akademickim oraz innymi utalentowanymi uczniami. Nauka w Wirtualnej Szkole będzie realizowana poprzez uczestnictwo w synchronicznych (sesje na żywo) i asynchronicznych (fora dyskusyjne) spotkaniach na odległość przy użyciu komputerów i Internetu.
Wirtualna Szkoła składa się z siedmiu Wirtualnych Kół Naukowych:
Koncepcja Wirtualnej Szkoły – dokument zawiera pełną informację na temat organizacji Wirtualnej Szkoły, jej funkcjonowania, a także formy pracy między prowadzącymi Wirtualne Koła Naukowe i uczniami.